在肯尼迪当政时，美国中情局曾有过一个庞大的计划，要把智利树立为拉丁美洲资本主义“民主”的样板，“让智利与卡斯特罗统治下的古巴形成鲜明的对照”，宣传资本主义的“优越性”，遏制古巴“红色瘟疫”在拉丁美洲蔓延。
1964年，智利社会党左翼领袖萨尔瓦多·阿连德参加全国总统大选。恨之入骨的中情局急红了眼，先后斥资400万美元支持基督教民主党的爱德华多·弗雷竞选总统。
中情局利用传单、报刊、广告等宣传媒介美化弗雷，攻击和丑化阿连德及其社会党，宣称如果让阿连德执政，智利将会蜕变为充满恐怖和血腥的、独裁专制的警察国家。
最后竞选的结果，弗雷得票最多，当上了智利总统，据统计，弗雷竞选总统的费用有一半来自中情局的腰包。
华盛顿对这次竞选的结果感到非常满意，认为中情局的秘密行动“成效卓著”。白宫对弗雷寄予很大希望，认为他能够把智利引向“健康、民主的道路”。
弗雷担任智利总统后，确实采取了一些土地改革、财富重新分配、推行教育和社会福利改革的措施，但是，智利国内的社会问题和经济问题还相当严重。
1970年，智利又一轮总统大选来临，阿连德再次积极参加总统竞选。他指责弗雷“半心半意”地推行社会改革，主张要加快速度建立一个更公平、更合理的智利国家。
从1969年12月起，白宫就开始策划阻挠阿连德当选总统的计划。1970年3月，国家安全委员会里负责审核中情局秘密行动的总统特别小组，批准中情局在智利进行反阿连德的宣传活动。
同年6月，从智利传来消息：越来越多的迹象表明，阿连德很可能会在大选中获胜。这时，总统特别小组开始考虑，是否让中情局在智利采取更有效的行动来阻止阿连德。
时任美国国家安全事务助理的基辛格表了态：“我真不明白，我们为什么要袖手旁观，眼睁睁地看着一个国家由于其本国人民不负责任而落到反对党的手里。”
在6月27日召开的会议上，特别小组进一步决定，中情局向智利增派力量，借此影响那里的选举，同时，还授权中情局，在9月4日大选前，设法在智利的某一选区进行一次民意测验。
中情局照办了，民意测验的结果是：右翼党派的总统候选人乔奇·亚历山德里占压倒多数优势，阿连德位居第二，而美国中意的基督教民主党候选人汤米的选票，仅仅排在第三位。对于这个结果，白宫和中情局认为还不错。
在智利大选的前夕，一些在智利有巨额投资的美国大公司也忧心忡忡，一旦阿连德当选总统，他会把一些在智利的外国大公司收归国有，这将直接损害美国的利益，因此，他们积极出钱，资助亚历山德里和基督教民主党候选人汤米参加竞选。
在这些美国公司中，最主要的要算国际电话电报公司和安纳康达铜业公司了。
中情局的第4任局长麦科恩是国际电话电报公司董事之一。1970年5月，麦科恩私下约见了时任中情局局长的赫尔姆斯，他向赫尔姆斯提出，中情局和国际电话电报公司共同协作来阻挠阿连德当选总统。
后来，国际电话电报公司愿意向中情局提供100万美元，作为反阿连德的秘密行动经费。在此之前，安纳康达铜业公司的董事会主席已交给国务院50万美元，用于反对阿连德当选总统。
9月4日，智利全国大选开场了。出人意料的是，阿连德竟然获得了最多的选票。
消息传到华盛顿，各方面都感到非常震惊，尼克松暴跳如雷。
9月15日，尼克松总统把赫尔姆斯召到他的椭圆形办公室，连同尚未接替罗杰斯担任国务卿的基辛格和司法部长约翰·N.米切尔一起开了个碰头会。
会上，尼克松大发雷霆，激动万分，赫尔姆斯回忆说：“我从来没有见过尼克松发过这样大的火。”
尼克松认为，阿连德的胜利意味着卡斯特罗的反美革命已蔓延到了智利，并将从那里传遍整个拉丁美洲。
中情局第五任局长和美国总统尼克松
尼克松总统给赫尔姆斯下达了一项十分明确的命令，破坏阿连德就职，“哪怕只有十分之一的机会，也要拯救智利！花上1000万美元，不够的话再加些！”
为了区别中情局在智利进行的其他活动，这个计划被称为“轨道2号”，此前，破坏阿连德当选总统的行动和计划被称为“轨道1号”。
由于阿连德只获得了简单多数，所以，根据智利宪法，他还必须经智利国会投票通过才能就职。中情局得到了尼克松总统的授权，准备使用一切手段阻止阿连德通过这次表决。这些手段包括寻求智利军界的帮助。
然而，阿连德就任总统已成大势所趋，绝非尼克松的好恶所能决定。因此赫尔姆斯苦笑着对尼克松说：“你交给了我一项几乎不可能完成的使命。”
赫尔姆斯经过一番冥思苦想，选择了几名得力干将来执行这项任务。他任命戴维·菲利普斯担任刚成立的智利特遣队队长。
当计划部西半球处副处长吉姆·弗兰纳里向菲利普斯转达此事时，菲利普斯也感到困惑不解：“我简直难以相信怎么会看中了我？”
“我们要派出的是最优秀的人物。”弗兰纳里向他解释说。
“只有唯一的方法才能达到我们的目的，即军事政变。”菲利普斯最后提出了建议。
“是的，这是唯一的办法。”弗兰纳里同意菲利普斯的看法。
中情局在智利的第二方案，是在绝对机密的情况下进行的。当时，在中情局内部只有局长赫尔姆斯、计划部部长卡拉默辛斯、计划部西半球处正副处长布罗和弗兰纳里、特遣队队长菲利普斯以及中情局在智利的12名人员中的4人知道第二方案。
具体执行这个方案的菲利普斯内心十分矛盾，他经常问自己：“中央情报局是否必须响应总统专横的命令，在一个有民主传统的拉美国家策划军事政变？”
与此同时，他担心中情局在智利，一时还找不到可信赖的合作伙伴来取代阿连德。
菲利普斯的这一担忧，终于在10月24日智利国会的选举中得到了证实，尽管中情局花费了25万美元，智利国会仍选举阿连德就任总统，他将如期宣誓就职。
面对这种局势，中情局全力以赴实施第二方案，但是，第二方案中直接涉及的策划军事政变，时机尚未成熟。
最令中情局伤脑筋的是，几乎没有一个智利头面人物，愿意出面唱主角，全面负责第二方案的卡拉默辛斯向尼克松汇报时说：“智利的军方人士乱糟糟的，他们不愿干什么事情。要是连他们也不想干，这场政变要取得成功就变得更渺茫了。”
1970年10月，中情局形成了一个后来在智利得逞的“三点式”计划：
1.鉴于智利陆军总司令施奈德将军和总统弗雷两人，都不愿意采取非法行动阻挠阿连德就任总统，中情局必须加紧搜集情报，物色有军事政变意向的智利官员；
2.通过舆论宣传，散布谣言和采取恐怖行动，在智利形成一个适合军事政变的社会气候；
3.对那些有政变意向的智利官员讲明，虽然美国不能直接派兵进行军事干预，但美国政府，将全力支持他们发动军事政变。
在圣地亚哥的美国大使馆武官保罗·怀默特上校与智利的一些军界人士关系密切，因此中情局请怀默特上校帮助执行“三点式”计划。
国防情报局也向中情局提供了一些军界人士的名单，一旦发生政变，这些人可能会有用处，在这些人中，就有退休的陆军将领罗伯特·维沃克斯和圣地亚哥卫戍区司令卡米洛·瓦伦朱拉将军。
中情局知道，智利武装部队的最高领导层并不支持政变，尤其是陆军司令施奈德将军，他在军界有着举足轻重的影响。
施耐德曾公开而明确地表示过自己的信念，即“军队绝不采取任何反对宪法程序的举动”。于是，中情局只能将希望寄托在维沃克斯身上，他是唯一愿意跟阿连德捣蛋的老家伙。
但是，维沃克斯的一些举动引起了施奈德将军的注意，他坚决抵制了维沃克斯等人的政变计划，为此，中情局做出决定，踢开施奈德这块绊脚石。
赫尔姆斯不赞成暗杀施奈德将军，除非有美国总统的亲笔手谕，他怕日后吃不了，兜着走。
赫尔姆斯说：“自我就任中央情报局局长的那天起，我就决定，在我任职期间，坚持不搞那种玩意儿，并且对我的下属也讲明了这一点。”
由于赫尔姆斯的这一明确禁令，10月13日，赫克谢尔从圣地亚哥向中情局总部发来急电说：“为了加快军事政变的步伐，维沃克斯打算在48小时之内绑架施奈德将军和他的副手普拉茨。”并请求总部指示。
10月15日，中情局出面给维沃克斯发去一份电报，告诫他不要采取鲁莽的行动，电文是这样的：
“已审查了你的计划，根据你提供的情报和我们从其他方面获得的信息，我们的看法是，你的政变计划在这个时候不可能取得成功，一旦失败，只能削弱你的实力，请务必保留你的力量，你和你的朋友们准备干一番事业的愿望总有一天会实现的。让我们继续保持联系，你会继续得到我们的支持。”
在智利，维沃克斯将军已决定孤注一掷，他对中情局的官员说，他要阻挠阿连德当选总统的第一个行动，就是在10月22日绑架施奈德，因为10月24日是国会确认总统的日子，11月5日，就要举行新总统就职典礼。
10月17日晚上，美国驻智利大使馆武官怀默特上校会晤了一名智利陆军军官和一名智利海军军官。嗣后，他把这两名军官提出需要催泪瓦斯手榴弹、冲锋枪和子弹的请求转告给中情局。
中情局怀疑对方会用这些武器来绑架施奈德，但又觉得这两名军官不像是维沃克斯那一伙人，也就放下心来。
几乎就在这同时，圣地亚哥卫戍区司令瓦伦朱拉将军也提出了要绑架施奈德将军。
实际上，维沃克斯和瓦伦朱拉都知道对方有发动政变的计划，但他们不愿意携起手来一块儿干，因为两人都想在政变成功以后独坐军政府的第一把交椅。
然而，瓦伦朱拉在10月19日，绑架施奈德的计划失败了。
那天，施奈德将军没有像以往那样，乘坐陆军司令部的汽车去吃晚餐，而是改乘私人汽车外出了，而且，那天他的警卫人员寸步不离，这使前去执行绑架任务的人无法接近施奈德。
当时，中情局仍在规劝维沃克斯和瓦伦朱拉别草率行事，中情局认为，这两个人谁都成不了大事，没有大用处，弄不好却容易捅出娄子，给自己带来麻烦，不好收拾，但他们不予理会。
这样，中情局先后与他们断绝了联系。
维沃克斯按照自己原定的计划，于10月22日采取了行动，早晨刚过8点，施奈德乘坐的汽车，风驰电掣般地朝陆军司令部驶去，半路上，突然遭到歹徒的拦截，汽车被迫停了下来，施奈德见状不好，急忙拔出手枪自卫，这时，歹徒先发制人，开枪射击，子弹打穿了施奈德的胸膛，他跌倒在血泊中。
3天以后，施奈德在医院里奄奄一息，他留下的最后一句话是：“维护宪法！”
智利警方在歹徒身上查获了使用过的武器。后来，维沃克斯被抓了起来，受到军事法庭的审判，他被判处有期徒刑20年，外加5年流放。瓦伦朱拉因有策划政变的企图，也被军事法庭判处3年流放。
中情局得知了施奈德的死讯后焦灼不安，菲利普斯预感到，中情局会被认为参与了这次暗杀活动，因为就在维沃克斯采取非常行动的前一夜，中情局把3支轻型冲锋枪交给了这些对施奈德有成见的军官。
但是，后来得知，这些武器在那次绑架中，并没有用上，中情局的人员这才如释重负，松了一口气。
那天，维沃克斯派人绑架施奈德，并没有准备要暗杀他，所以前去执行任务的人随身只带了手枪，没带其他武器，当施奈德首先拔出手枪想进行自卫时，维沃克斯的人才开枪射击，没想到，子弹射中了施奈德的要害处，导致他身亡。
在施奈德去世后的第二天，圣地亚哥有数十万人自发地为他送葬，悼念这位为捍卫民主而牺牲的将军。人们义愤填膺，强烈谴责阴谋集团的罪恶行径。
当时任中情局副局长的科尔比哀叹道：“这次尝试的失败，为阿连德平息了军内的不满。”
10月23日，赫尔姆斯再次检查了第二方案（“轨道2号”）在智利的执行情况。他认为，中情局已经尽了最大的努力，现在只有依靠智利人自己去搞了。
在此之前，赫尔姆斯已向尼克松作了汇报，说中情局能办到的事情都办了，至今，智利没有任何迹象表明有人想进一步发动政变。
1970年12月，麦科恩对约翰·布鲁斯说：“赫尔姆斯没有采取戏剧性的行动，来有效地阻止阿连德当选总统，对于这一点，我们大家都感到很失望。”
当时，在华盛顿出现了这样一种说法：“赫尔姆斯在关键时刻溜之大吉，尼克松和基辛格责备中央情报局贻误了阻挠阿连德当选总统的时机。”
此后，中央情报局想方设法支持反对派，希望他们能够东山再起，在1976年大选时获胜，使阿连德的希望破灭。
接着，中央情报局集中力量通过第三国帮助中间党派，支持自由和反对观点的报刊和电台，援助学生和工联组织。
中央情报局的努力终于得到了回报，1973年初，在智利国会选举中，反对阿连德的候选人，在国会的两次选举中获得三分之二的多数，从而能够弹劾阿连德。
从1971年下半年起，中情局与智利军方加紧联系，中情局驻圣地亚哥情报站搜集了大量对今后政变有极高价值的情报，例如：被现政府逮捕的智利人名单、政变时需要特殊保护的对象的名单以及政变时必须占领的重要设施等等。
与此同时，中情局还加紧制造骚乱，煽动和支持一些右翼工会领导的工人罢工，其中最严重的一次是卡车司机长达一年的罢工，这次罢工，造成了智利经济的严重失调，使人民的不满达到了危险点。
尽管国内政局动荡，但是在当时的陆军参谋长卡洛斯·普拉茨的领导下，军队一直严守中立，并且，在1973年6月27日还粉碎了一次政变企图。
然而，过了两个月，中、高级军官的家属们聚集到普拉茨家门外举行示威，军队的不满情绪已经公开化，普拉茨被迫辞职，由皮诺切特将军接替了他的职务。
1973年9月11日，智利右翼军人集团在独立纪念日游行的掩护下发动政变，挥兵进攻拉莫内达总统府，空军的飞机也参加了轰炸。
阿连德拒不投降，孤身奋战，坚持抵抗，最后牺牲在总统官邸的办公室里，牺牲时，他的双手仍紧握着古巴卡斯特罗赠送给他的冲锋枪。
当时，几艘美国海军军舰就在智利海岸沿线参加一年一度的海军演习。在政变发生的当天，一架美国电子侦察机盘旋在安第斯山脉上空。
根据来源不同的消息报告说，飞机是在为政变策划者之间进行联络，并为中情局监视政变的进展情况。
在后来美国国会的调查中，国务卿基辛格被迫承认了中情局插手了智利政局。
据中情局官员自己说，他们是通过在智利的内线和澳大利亚秘密情报机关提供的情报，方知政变的阴谋，但也不得不承认，自己曾积极鼓动和支持了政变军人的行动，只是没有直接出面而已。
不过，据官方统计的数字，从1970年11月阿连德正式就任智利总统至1973年9月阿连德饮弹身亡，在这不到3年的时间里，中情局在密谋反对阿连德的颠覆行动中，总共花费了800万美元。
阿连德死后，智利成立了以陆军总司令皮诺切特·乌加特为首的军人独裁政府，美国立即予以承认，并给予大量援助，黑暗统治在智利整整维持了15年。
阿连德政权的颠覆，应该是中情局在拉美又一个成功的案例。
到1962年8月时，中情局已经在越南、老挝、泰国、伊朗、巴基斯坦、玻利维亚、哥伦比亚、多米尼加、厄瓜多尔、危地马拉和委内瑞拉11个国家进行了秘密行动。
在中央情报局六十多年的发展史上，暗杀外国领导人的活动早已是它惯用的手段和公开的秘密。
曾任中情局副局长的比希尔在2008年出版了自己的回忆录《冷战者的思考》一书，书中记录了当年他与当时的美国总统策划如何暗杀他国政治领袖的情景。
到了20世纪70年代中期，随着那些暗杀行动的曝光，美国政府发现自己的形象已经和黑手党差不多了，于是在1981年出台了一个总统行政命令，命令中情局不得直接或间接参与暗杀行动。
但是，到了2001年“9·11”恐怖事件发生以后，中情局又恢复了其本来面目，继续在境外进行暗杀活动。
不过中情局对自己的暗杀活动并不避讳，有时甚至公开承认说，一旦美国认为其外交政策目标，不能通过正常外交途径实现时，美国就会考虑，在某国发动军事政变或者是对该国政治领导人下手。
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