1994年颁布实施《联合国海洋法公约》专属经济区条例。菲律宾政府以黄岩岛位于其200海里专属经济区为由，声称对该岛拥有海洋管辖权，该岛后来更名为主权岛。
1995年，菲律宾干涉中国在恶作剧礁建设避风设施，制造事端。
1996年4月，菲律宾军舰“误认”中国商船为海盗船，将其拦截，开枪打死两名中国人。
1997年4月30日，两名菲律宾国会议员登上一艘军舰登上黄岩岛，并在岛上竖起旗帜和纪念碑，以阻挡和恐吓中国渔民。
1997年5月，菲律宾在黄岩岛非法拘留了25名正常捕鱼作业的中国渔民52天。
自1998年1月以来，中国海南省4艘渔船在黄岩岛两个月内被菲律宾海军截获，51名渔民被菲律宾指控“非法入境”并拘留近半年。
1998年11月9日，菲律宾国防部长指责100多名工人在恶作剧礁修建大型水泥营房或码头，指责中国逐步入侵，随后事件升级。菲律宾总统下令海军和空军在恶作剧礁附近加强巡逻，防止中国船只进出南沙海域，并下令军方鸣枪示警。
1999年5月23日，一艘中国渔船在黄岩岛被一艘菲律宾军舰追逐沉没，造成11名渔民落水。据报道，菲律宾海军使用机枪进行扫射。中国外交部向菲律宾提出了严正抗议和交涉。
1999年6月，菲律宾教育部将黄岩岛和整个南沙群岛纳入其新地图。
1999年8月，菲律宾政府将“南沙群岛是菲律宾领土”列为宪法修正案的内容。
1999年11月，菲律宾和美国在南沙举行军事演习，并提出将南沙主权纳入宪法。中国要求观察菲律宾和美国在南沙群岛的任何演习。
2000年1月，菲律宾军方在南沙群岛驱赶中国渔船。中国政府郑重声明，要求菲律宾立即停止在中国领土黄岩岛的一切侵犯行为。
2000年5月，菲律宾海岸警卫队开枪打死中国渔民，中方就菲律宾海警开枪打死我国渔民一事向菲方提出严正交涉。菲律宾表示将释放中国船员，但拒绝赔偿他们的家人。
2001年3月，菲律宾海军、空军驱逐中国渔船，中方向菲方提出严正交涉。朱镕基在会见菲律宾总统特使时也谈到了南海问题。
2002年11月，中国与东盟国家签署《南海各方行为宣言》，各方承诺在南海问题上实行克制，使中国与菲律宾在南海的摩擦明显减少。
2009年1月28日和2009年2月3日，菲律宾参众两院分别通过了将中国南沙群岛和黄岩岛部分岛礁划分为菲律宾群岛或领海基线的议案。2月17日，菲律宾国会通过了《领海基线法》。该法案将中国黄岩岛和南沙群岛的部分岛礁列为菲律宾领土。
2011年3月3日，菲律宾指责中国在南海佳期海滩赶走菲律宾石油勘探船，并通过外交渠道向中国提出外交抗议。
2011年4月，菲律宾就南海划界“九段线”理论向联合国提出抗议，抗议中国于2009年5月向联合国大陆架界限委员会提交划界案。
2011年6月，菲律宾再次向中国提出外交抗议，称部分中国船只在南海卸下建筑材料、放置浮标、竖立标杆，并欲在菲律宾200海里专属经济区修建钻井塔，辩称中国的行为侵犯了菲律宾主权，违反了2002年签署的《南海各方行为宣言》号协议，在南海制造紧张局势。
2011年6月，菲律宾总统阿基诺三世表示，菲律宾计划将南海更名为“菲律宾西部海域”
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